Para manter seus arquivos ou seu backup seguro você pode usar o openssl.

Para encriptar incluindo a senha na linha de comandos, que é útil para scripts de backup por exemplo:

openssl enc -aes-256-cfb -in backup.tar.gz -out backup.tar.gz.enc  -k suasenha

Para desencriptar:

openssl enc -d -aes-256-cfb -in backup.tar.gz.enc -out backup.tar.gz  -k suasenha

 

Para listar os ciphers suportados:

openssl enc -ciphers